NASA Earth Observatory Image of the Day latest record:
East Troublesome Fire Spreads to the Rockies
https://earthobservatory.nasa.gov/images/147452/east-troublesome-fire-spreads-to-the-rockies

Initial states:
m: 1.637 x: -7.586 y: -8.681 vx: -0.039 vy: -0.028
m: 7.617 x: 0.310 y: 5.609 vx: 0.806 vy: 0.173
m: 2.975 x: -4.561 y: -4.319 vx: 0.031 vy: -0.443
Interest-ness score: 69

Рядом оляпка (Cinclus cinclus) промышляла водяными насекомыми. Её я тут уже показывал, но такую преккрасную булочку и два раза не грех запостить. Тем более это уникальная птица - ведь оляпки единственные из ворбьинообразных добывают пищу, подолгу плавая в пресной воде. Причём круглый год - и нет, на зиму они никуда не улетают, а продолжают моржевать, бороздя холодные реки.

Что гасит вода, которую подают на стартовый стол перед запуском ракеты? Куски чего от этой ракеты буквально отваливаются во время полёта? Что за удивительные медузы появляются в небе после пусков, заставляя буквально сотни людей публиковать фотографии этих, как им кажется, НЛО?

Сейчас мы здесь, на Alpha Centauri, расскажем вам о самых интересных эффектах запусков космических ракет.

youtu.be/4R3LvYPlpaE

28 апреля 2020 года астрономы зарегистрировали быстрый радиовсплеск в Млечном пути. До сих пор эти короткие, но крайне мощные вспышки наблюдались лишь в других галактиках. Благодаря тому, что радиовсплеск совпал с рентгеновским всплеском магнитара, ученым удалось точно определить его источник. Им стала сильно «намагниченная» нейтронная звезда, или магнитар, SGR J1935+2154, находящаяся в 30 тысячах световых лет от Земли в созвездии Лисички.

Версия, что подобные вспышки могут порождаться магнитарами, существовала уже давно, но теперь у ученых впервые появились прямые доказательства. Благодаря тому, что область неба, где находится SGR J1935+2154, наблюдали одновременно несколько инструментов, включая CHIME, STARE2 и 500-метровый радиотелескоп FAST, исследователи смогли более детально изучить событие. Чтобы понять, что открытие означает для астрономии, а также на какие новые вопросы придется теперь ответить ученым, мы поговорили с доктором физико-математических наук, ведущим научным сотрудником Государственного астрономического института имени Штенберга (ГАИШ МГУ) Сергеем Поповым.

https://meduza.io/feature/2020/11/05/chto-to-shipit-treschit-i-schelkaet-astronomy-davno-sporyat-o-prirode-strannyh-korotkih-radiosignalov-seychas-ih-istochnik-vpervye-nashli-v-mlechnom-puti

Неожиданная параллель между академией и преступным миром. Социально-экономическая структура академических учреждений похожа на банды, торгующие наркотиками, и прочие криминальные организации.
В этой аналогии профессора - воры в законе, постдоки и PI - это капо (или лейтенанты), а аспиранты и студенты - обычные солдаты или рядовые, которые стоят на углах и конкурируют с другими рядовыми в области публикаций первака (статей первым автором), отжимают области цитирования, получают незначительную компенсацию за большие расходы своей жизни и нервов. В это же время завлабы (паханы) получают безусловное авторство и первую дележку грантовых денег.
АУЕ - академический уклад един
https://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2013/12/11/how-academia-resembles-a-drug-gang/

Внимание, это не учебная тревога: DeepMind только что обьявили, что "решили проблему фолдинга белка"! Если я все правильно понимаю (а я конечно не биолог и не химик) достигнув средней оценки точности в 87 GDT, ребята из DeepMind теперь могут с очень высокой точностью моделировать фолдинг белка в компьютерной модели, избегая реальных химическиъ экспериментов.

Почему это большое дело - потому что это действительно проблема над которой бьются последние 50 лет. И последние 15 из них GDT score болтался между 30 и 45, так что это огромный рывок вперед. Конечно их заявление еще будут проверять и понятно что GDT не 100 и что это решение для статического фолдинга, динамический фолдинг - гораздо более сложная задача. Однако это уже не AlphaZero, который играет в игры, это решение реальных проблем человечества с помощью ИИ! Кажется всех кто занимается темой ИИ сегодня можно поздравить.

https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-grand-challenge-in-biology

Артур Залевский
Околонаучный ФБ захлестывает волна AlphaFold2/CASP хайпа. Прежде чем фанаты AI (в смысле ML) спишут мою профессию в синие воротнички, позвольте обратить ваше внимание на несколько моментов:

1. Во-первых, AlphaFold не решает проблему фолдинга. В том смысле, что они предсказывают финальную структуру, но ничего не говорят о том, как она достигается в живой клетке. Практически идентично, в миллиардах живых клеток, ежесекундно. Но именно на нарушении (а правильнее даже сказать управлении) процессом фолдинга в живой клетке основаны эффекты многих мутаций и лекарств.

2. Они тренировались на полном банке PDB и, соответственно, предсказывают такие же усредненные структуры. Для многих белков, например Ca2+ зависимых сенсорных белков, которые кардинально меняют конфигурацию в зависимости от условий, это может иметь очень существенный эффект.

Более того, по-факту, AlphaFold предсказывает только ограничения на положения некоторых аминокислот и фрагментов белка, которые потом собираются в финальную структуру старыми добрыми алгоритмами и подходами родом из 90х, если не раньше. (google Modeller)

3. Текущие метрики приводятся на основании данных по доменам, но не целым белкам. Некоторые белки состоят из заметного числа доменов, чья взаимная пространственная ориентация может иметь существенный эффект на структуру и функцию белка. Особенно в динамике.

4. Точно предсказания даже по Ca атомам все равно весьма примерная. Цитата: These are for single domains-not whole proteins-and there are a few poor predictions. So corner cases remain but core problem appears solved: 88% of predictions are <4Å, 76% <3Å, 46% <2Å.

При этом даже 0.6Å достаточно, чтобы кардинально повлиять на результаты докинга и, соответственно, дизайна лекарств.

Не говоря уже о положениях отдельных боковых радикалов аминокислот. Там нередко одна аминокислота может сломать весь докинг/моделирование реакции. И люди десятилетями бьются чтобы понять, в какой же конфигурации и состоянии эта аминокислота (привет-привет Glu197 в ацетил- и бутирил- холинэстеразах человека. Остаток, из-за которого, в том числе, до сих пор нет эффективных антидотов для органофосфатов. Все же помнят Навального и "Святой источник"?)

5. Автоматизированные высокопроизводительные подходы порождают иллюзию уверенности. Вот сейчас-то мы сможем все! Структурная биология встала с колен, хо-хо! Нет. Достаточно посмотреть на предсказанные структуры всех белков SARS-CoV-2 одним из лидеров упомянутого CASP challenge. Их нуклеокапсидный белок (для которого, между прочим, известно аж 60-70% структуры в виде X-ray структур!) не вызывает ничего, кроме истерических слез. Но, я более чем уверен, кто-то на полном серьезе будет делать докинг препаратов в нее и на голубом глазу утверждать, что вот сейчас то они придумали лекарство!

P.S. Но вообще, конечно, товарищи молодцы. Возбудили невероятный интерес к классической теме и, если смотреть их выступления на специализированных эвентах, рассказывают все аккуратно и со всеми оговорками. К сожалению, популяризация снова победила науку :(

И, конечно, ждем детального описания и кода, чтобы поиграться! xD

Импортозаместительная морская свинка - северная пищуха (Ochotona hyperborea), Бурятия. Кстати, несмотря на характерный "мышиный" вид, пищухи - не грызуны, а зайцы в косплее.

Большинство видов обитает в горах, хотя некоторые выбирают степи. Живут они большими колониями, наткнувшись на которые, сразу понимаешь, за что зверюшка получила своё название. В воздухе стоит постоянный писк и резкие пересвисты, которыми микро-зайцы предупреждают друг друга об опасности.

У пищух есть и ещё одно, не менее точное "имя": сеноставки. Дело в том, что на зиму они не впадают в спячку, а грызть кору, как их старшие родичи, не любят. Так что осенью звери складывают траву в маленькие стожки, а когда засохнет - перетаскивают в норы. Периодически сеноставки подставляют соседей, воруя их запасы, так что в колонии постоянно разворачиваются драмы, делая её похожей на маленький пушистый базар.